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人工智能在DNA中显示“深色物体”

2003年,科学家首次遵循人类基因组,宣布所有构成我们生活的“蓝图”的DNA。尽管98%的基因组并未直接专用蛋白质,但它们仍然深深影响基因调节和细胞功能。这些非编码区域曾经考虑过“垃圾DNA”,但现在被认为包含重要的生物学秘密,例如遗传世界中的“黑暗事物”。 今年6月25日,一个深刻的想法宣布,他们开发了一种名为Alphagenome的人工智能模型(AI),预计将在破译这个“深色物体”中取得突破。 《自然杂志》报告说,“主观 - 遵循”模型可以预测一系列出现的SESO中部分DNA变化的影响,该模型提供了读取人类基因调节机制的新途径。 “滚动”的工具来照亮DNA-辅助 Alphafold 2在2020年由Deep Thinking推出科学界已经发生了数十年:如何基于蛋白质的氨基酸顺序准确预测三维结构。这一突破不仅改变了结构生物学的研究方法,而且促进了新的研究和药物开发的过程。 相反,了解DNA的功能更为复杂,因为它没有像蛋白质那样具体的“正确答案”。这些算子主要反映在DNA基因表达的调节中,例如确定何时出现或转向一个基因,其细胞具有纸张,以及表达的强度。 如果蛋白质结构的预测是沿海沿岸“部分”的三维模型,那么DNA功能的DNA功能是了解每个符号的真实含义,注释,开关命令甚至手册中的“暗对象”区域。涉及的信息级别更为复杂,并且具有更广泛的关联,并且相同的DNA FragmenT可以在不同的时间和不同类型的细胞中扮演不同的角色,因此建模比蛋白质更困难。 几十年来,生物学家一直试图使用各种计算工具来揭示DNA调节的复杂和秘密机制,但是这些模型倾向于集中于单个功能。科学家们渴望“综合”的thattool来照亮DNA的依从性,因此“ alpha基因组”已成为。 根据美国Fun Engineering网站的说法,与以前的模型不同,该模型需要在“序列长度”和“预言精度”之间进行权衡,“ Alpha Genome”也取得了相同的成就。它不仅捕获了远程基因组的背景,而且还提供了准确的基础水平,疾病生物学领域的研究视野的扩展,稀有变体研究,DNA合成设计等等。 一次可以持有数百万的基础对 根据官方知识分子网站,该模型一次可以处理多达100万个碱基对并预测成千上万的分子特性,包括基因表达,分裂模式,结合蛋白质的位点和访问染色质的位点,这些位点涵盖了各种不同类型的细胞。这是AI系统首次可以成为如此广泛的监管特征的联合模型。 用于“ Alpha基因组”实践数据集源自许多可用的Hyperscale数据源。令人惊讶的是,完整模型的培训仅需4个小时,计算资源只是上一代模型的一半。在26个基准测试中,其中24个表现要比专用模型更好或更平坦。 新模型的亮点是变体标记系统,它可以很好地比较突变前后的DNA依从性,并评估其对许多生物途径的影响。 “ alpha基因组”还具有分裂位点的操作,这是一种最初的连接,是一种可以预测与疾病(例如囊性FI)相关的RNA异常的模型北极和脊柱肌肉萎缩。 在合成生物学领域,“α基因组”可用于设计特定的法规,例如仅在神经细胞中激活某些基因,同时使它们平静为肌肉细胞。同时,预计还将使用具有强大生物学作用的稀有遗传变异,例如导致门德尔遗传疾病的突变。 在验证中,研究人员将“α基因组”应用于先前研究中发现的特定白血病相关突变。结果,该模型准确地预测,某些非编码区域变体不会直接激活附近的TAL1致癌代,这是T细胞慢性淋巴细胞性白血病中已知的致病过程。 该模型尚不适合个人诊断 尽管“ Alpha基因组”的表现令人惊讶,但深思熟虑的团队表示,该系统仍然存在许多局限性。它不是为单个基因组解释而设计的离子,它也没有预测祖先的疾病或信息的风险,例如23andme或临床遗传检查。也就是说,该模型不适合个人诊断或医疗决策。 当前的“α基因组”训练数据仅限于人类和大鼠,并且尚未覆盖其他物种,其跨物种的灵活性仍有待证明。同时,确定调节元件和目标目标之间关系的能力(超过100,000个基碱基)仍然很弱,并且它不是动态机械学的完全模型,而不同状态和组织中细胞的调节。 彼得·库(Peter Ku)是美国冷春港实验室中的一名计算生物学家,他指出:“这些模型通常在固定状态下训练,但现实中的细胞是动态的,蛋白质水平,DNA化学变化,转录状态等。-dna的接触。-接合 - up -up。以及更现实地模仿生物学过程的“多时间量表”因素。
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